Die Koppe bewohnt sehr saubere, rasch fließende Bäche und kleinere Flüsse mit steinigem Grund, aber auch sommerkühle, sauerstoffreiche Seen. In den Bächen der Forellenregion trifft man sie in einer Höhe von bis zu 2000 m über dem Meeresspiegel an. Sie ist ein Grundfisch, der sich tagsüber zwischen Steinen und Wasserpflanzen verbirgt. In der Dämmerung geht sie auf Jagd nach Insektenlarven, Bachflohkrebsen und Fischbrut. Da die Koppe ein schlechter Schwimmer ist und zudem keine Schwimmblase besitzt, bewegt sie sich mit gespreizten Brustflossen ruckartig über den Boden.

Man muß schon genau hinsehen, um den meist zwischen Wurzeln und Steinen versteckt lebenden Bodenbewohner zu Gesicht zu bekommen. Hat man eine erspäht, dann zeigt die Koppe unter unseren heimischen Süßwasserfischen ein unverwechselbares Aussehen. Mit ihrem großen Kopf und ihrem breiten Maul wirkt sie, trotz ihrer geringen Größe von 10 bis 15 Zentimetern, recht imposant (wegen ihres dicken Kopfes hat ihr der Volksmund übrigens u. a. den Namen "Bullenkopf" verpasst). Dazu tragen auch die sehr großen fächerförmigen Brustflossen und zwei Rückenflossen mit Stachelstrahlen bei. Die Färbung des keulenförmigen Körpers ist bräunlich bis dunkelgrau, mit unregelmäßiger Marmorierung, was die Koppe in Ruhestellung auf steinigem Untergrund nahezu unsichtbar macht.

Die Laichzeit fällt - je nach Gewässer - in die Zeit von Februar bis Mai. Das Weibchen legt dabei 100 - 200 Eier unter Steinen oder in einer Art Laichgrube ab. Das Männchen bewacht das Gelege und sorgt durch Fächeln mit den Brustflossen für Frischwasserzufuhr bis die Larven geschlüpft sind. Nach dem Schlüpfen treiben sie mit dem Wasserstrom abwärts und wandern erst als Jungfische wieder den Bach aufwärts.
In früheren Jahren wurden Mühlkoppen von den Fischern als Forellenlaichräuber und Futterkonkurrenten für die Forellen und andere Salmoniden angesehen. Dieser Eindruck wurde sicher überbewertet, denn schließlich stellt der kleine Fisch ganz im Gegenteil eine wichtige Nahrungsquelle für Salmoniden dar. Deshalb gehört die Koppe - unter ökologischen Gesichtspunkten gesehen - zu den unverzichtbaren Bestandteilen der Fischfauna in der Forellenregion.

Die Koppe ist sehr empfindlich gegenüber Verunreinigungen und kann deshalb als Bioindikator für die ökologische Qualität eines Gewässers angesehen werden. Intakte Populationen zeigen demnach strukturreiche, natürliche Fließgewässer der Forellenregion mit hoher Wasserqualität an. Bei den Gefährdungsursachen sind deshalb im wesentlichen Gewässerverbauung und - verunreinigung zu nennen. Die Verschmutzung von Fließgewässern, beispielsweise durch Industrie oder Landwirtschaft (Dünger), hat in vergangenen Jahrzehnten dazu geführt, das die Koppe mancherorts verschwunden ist, wo sie früher heimisch war.
Obwohl sich die Wasserqualität derzeit vielerorts bessert, haben Uferverbau und der Einbau von Wehren in die Gewässerläufe eine Wiederbesiedlung früherer Wohngewässer unmöglich gemacht. Koppen gehören zu den so genannten Kurzdistanzwanderfischen.

Bei ihren Aufwärtswanderungen stellen Barrieren im Bach ein großes Problem dar, weil sie als bodengebundene Fischart ohne Schwimmblase selbst geringe Verbauungen und Schwellen (10-15 Zentimeter) nicht überwinden können.
Deshalb ist die Erhaltung der verbliebenen natürlichen Fließgewässer und deren Schutz vor Beeinträchtigungen wie zum Beispiel der Bau von Kleinwasserkaftanlagen wichtig.
In diesem Zusammenhang fordert der VDSF die Renaturierung weiterer Gewässerabschnitte, wobei insbesondere die Überwindbarkeit von Querbauwerken überprüft und gegebenenfalls wieder hergestellt werden soll. Solche Maßnahmen kommen übrigens nicht nur der Koppe zugute, sondern allen Wanderfischarten, die durch menschliche Eingriffe in die Gewässerstrukturen von ihren Lebensräumen abgetrennt wurden und dadurch in ihrem Fortbestand gefährdet sind